在鑒定下呼吸道感染病原體時，痰液是送檢最多也是最好取材的標本，但也是最受爭議的微生物學標本，因為其容易受到上呼吸病定植和污染菌原微生物的影響，造成其下呼吸道病原菌診斷價值有限。

現階段幾乎所有呼吸科病人都需要留痰，凡有痰液的下呼吸道感染患者均可留痰進行涂片和培養。痰標本可用于普通細菌、真菌及分枝桿菌的培養檢測，但不適用于檢測厭氧菌。因為引起下呼吸道感染的厭氧菌多為條件致病菌，而口咽部有大量厭氧菌定植，如果痰厭氧菌培養，那么不可避免分不清敵友，所以采集徹底避免上呼吸道菌群污染的標本才是準確建立厭氧菌感染病原學診斷的關鍵。而普通的咳痰、經口咽部活支氣管鏡活人工氣道的下呼吸道吸引物甚至是普通支氣管肺泡灌洗液，均適用于厭氧菌檢驗。

由于人體咽喉以上呼吸道黏膜表面及其分泌物含有眾多微生物，唾液含菌量也非常多，老年、重癥或住院病人的上呼吸道定植致病菌更多，致使途徑口咽部的咳痰經常受到污染，影響結果判定。痰標本質量的好壞，或者是否能避開上呼吸道菌群污染而采集下呼吸道感染部位的標本，直接影響病原學診斷的準確性和可靠性。由于咳痰非常容易受到口咽部定植菌污染，分離到的細菌往往不能真正代表下呼吸道感染的病原菌，為減少污染，痰培養前需要做標本質量評估，革蘭染色進行細胞學判斷是一種較為可靠的方法評價標本是否來自于下呼吸道的方法。那么怎么合格留取合格的痰液標本進行科學的需要微生物檢驗呢？

這是非常重要的步驟，而絕大多數時候都是容易被我們忽略的步驟。根據衛生部發布的WS/T 499-2017 下呼吸道感染細菌培養操作指南和WS/T640-2018 臨床微生物學檢驗標本的采集和轉運指南，不難發現對于下呼吸道標本的采集，需要特別注意防止口腔菌群的污染。正確的留取方式是（1）抗生素使用前采集，若患者有假牙，應摘掉牙托，清潔口腔（刷牙或用清水漱口），深部咳出痰液，留取到無菌杯中，若多為口水需要重新留取；（2）留痰時，應在醫護人員陪同下采集。（3）痰標本采集后1-2h內必須送檢，因為室溫下2h會降低肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌等苛養菌的分離率，而定植于上呼吸道的非致病菌以及許多條件致病菌，如銅綠假單胞菌可過度生長。（4）普通肺炎的話，可每天送檢一次痰標本，連續2-3天。

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總的來說，合格的痰對于明確下呼吸道感染病原菌診斷具有很重要的意義，特別是社區獲得性肺炎患者和結核患者的診斷，因此，科學留取合格的標本是診斷的第一步。